COVID PCR到底驗了什麼???

今天被問了這個問題，我們院內COVID PCR報告中顯示的ORF1ab, E是什麼啊? 那個20幾是Ct值嗎??

 

首先要了解，PCR就是將選定gene無限複製放大的檢驗技術，步驟如下：

https://www.downtoearth.org.in/news/science-technology/how-is-covid-19-diagnosed-and-are-the-tests-reliable--71759

 

1.          如果染疫，我們的上呼吸道會有大量COVID病毒繁殖，所以我們拿細細長長的棒子，盡可能伸到鼻咽處蒐集病毒

2.          將採撿到的東西泡於緩衝液(buffer)，病毒外膜、外殼會被破壞，露出裡面的RNA (被緩衝液保護不至於降解)

3.          先用酵素將RNA反轉錄成DNA

4.          開始RT-PCR (Reverse Transcription-PCR)：

https://case.ntu.edu.tw/blog/?p=35508

1.          我們先將病毒DNA用95℃變質，使兩股分開。

2.          我們從COVID病毒RNA 3萬個鹼基中挑選具有代表性的片段放大，做出被選中的片段的對應鹼基(primer,引子)，在55-60℃下，primer會黏上對應片段，稱為annealing (黏合)。同時一個含有螢光蛋白的taqman probe黏上片段的末端。

3.          在72℃下，Taq DNA polymerase開始利用我們提供的原料(ATGC)複製並放大DNA。在複製末期polymerase把末端的taqman probe撞掉，他於是很生氣地發光。

如果複製一次產生的螢光就被偵測到，就叫做Ct=1 (代表病毒RNA量高的嚇人)，複製30次後才被偵測到，稱為Ct=30，目前認為Ct>30，代表病毒量已經少到不具傳染力了(臨床上要注意的是Ct高可能是已痊癒，也可能是發病初期，需要搭配臨床症狀並後續觀察喔)。那目前常見在PCR第2點選中的病毒基因片段就是ORF1ab與E：

l   ORF=open reading frame，分成1a、1b，主要合成RNA dependent RNA polymerase, protease...等非結構蛋白

l   E=envelope 合成外套膜蛋白的基因

科學家選用一個non structure gene, 與一個structure gene來去做PCR檢驗Ct值，正常來說他們源自同一隻病毒，數值應該差不多，如果差距太大代表false positive，Roche cobas 6800與8800兩型號的機器就可以區分ORF1ab與E gene的Ct。

但另一型號roche cobas liat就只能驗出Ct (無法區分ORF或E gene)

最後一種就是單純的快篩試劑，試劑上有針對COVID病毒Nucleocapsid蛋白的抗體，要是你的採檢液中病毒夠多(Ct<25)，快篩就可以抓到，就這樣。